El español Pol Espargaró (Repsol Honda RC 213 V) ya salió a disputar la segunda tanda de entrenamientos libres después de que había sido penalizado con la pérdida de tres posiciones en la formación de salida de la carrera malasia por molestar a otro piloto, Johann Zarco (Ducati Desmosedici GP22), al rodar demasiado lento en un determinado punto del circuito y dentro de la zona de trazada de los pilotos, lo que generó una situación de peligro, al esquivar por muy poco su moto al francés.
Las condiciones de la pista no fueron las mejores al inicio de esta segunda tanda libre de MotoGP, aunque al no seguir lloviendo, la probabilidad de que los potentes prototipos consiguiesen secar un "carril" del circuito, eran bastante altas.
Mientras tanto, en cabeza de la clasificación se pudo ver a nombres poco habituales como el italiano Franco Morbidelli (Yamaha YZR M 1), aunque perseguido por especialistas en agua como Johann Zarco o el italiano Marco Bezzecchi (Ducati Desmosedici GP22), Jorge Martín (Ducati Desmosedici GP22), Alex Márquez (Honda RC 213 V) o el portugués Miguel Oliveira (KTM RC 16).
El español Aleix Espargaró (Aprilia RS-GP), que por la mañana se vio muy condicionado por los problemas técnicos en sus dos motos y apenas dio cinco vueltas, pudo intensificar su preparación para la carrera malasia, aunque las condiciones de la pista no eran las mejores para intentar mejorar su situación.
Con el paso de las vueltas a Morbidelli le sucedió al frente de la tabla el francés Zarco y se pegó tras su estela el español Maverick Viñales (Aprilia RS-GP), cuando en el asfalto se comenzaba a ver un pequeño carril aunque no lo suficiente como para rodar en los registros matinales.
Poco a poco los tiempos fueron bajando en la clasificación de la segunda tanda, con cambios en el orden de los protagonistas pues a siete minutos del final se puso el portugués Miguel Oliveira al frente, perseguido por Cal Crutchlow (Yamaha YZR M 1) y Fabio Quartararo, cuando el australiano Jack Miller y su compañero de equipo, "Pecco" Bagnaia, decidieron salir a pista con neumáticos secos, y no fueron los únicos.
Esa decisión se notó casi de inmediato en pista porque Alex Márquez se encaramó hasta la primera plaza, si bien luego le superaron tanto Cal Crutchlow como "Pecco" Bagnaia, con Jack Miller, Johann Zarco y Maverick Viñales tras ellos, pero los tiempos que valían eran los de la mañana.
Así, con Brad Binder como líder de la jornada por delante de Alex Rins y Marc Márquez, consiguieron un puesto en la segunda clasificación directa, que podría ser definitivo pues todas las previsiones climatológicas dan lluvia para el segundo día, junto a Enea Bastianini, Joan Mir, Jorge Martín, Fabio Quartararo, Fabio di Giannantonio, Luca Marini y Marco Bezzecchi.
Fuera de la misma y con ello se complica un poco su situación, acabó "Pecco Bagnaia, quien podría proclamarse matemáticamente campeón en Sepang, pero para ello tendría que mejorar considerablemente su rendimiento, sobre todo teniendo en cuenta que si rival más directo, Fabio Quartararo, se encuentra muy por delante de él en la tabla de tiempos.
Mientras, por detrás de él, Aleix Espargaró salvó como pudo "los muebles" para acabar en una preocupante vigésima posición, justo por detrás de su compañero de equipo Maverick Viñales, después de sufrir una caída por la mañana con una de sus motos, tener problemas técnicos en la segunda y, por la tarde, afrontar la sesión con el asfalto en mucho peores condiciones como consecuencia de la lluvia.
Tampoco pasaron a la segunda clasificación Alex Márquez, Jack Miller, Pol Espargaró o Johann Zarco, que sin embargo sí brillaron por la tarde en condiciones de mojado.