El jugador de 33 años se impuso en la final al canadiense Milos Raonic por por 6-4, 6-7 (2-7) y 6-4. El suizo cerró el partido en 2:13 horas de juego al aprovechar su primer match ball.
Sólo Jimmy Connors, con 1.253, e Ivan Lendl, con 1.071, han logrado más victorias en la historia del tenis en el circuito ATP.
"Es un momento especial. No hay duda", dijo Federer, ganador de 83 títulos durante su carrera, incluido un récord de 17 Grand Slams.
"Llegar a mil realmente significa mucho para mí. Nunca olvidaré este partido", agregó.
No fue fácil para el suizo lograr su milésima victoria, ya que necesitó superar un tercer set maratoniano que discurrió sobre el filo de una navaja.
Finalmente, la presión pudo con Raonic, que perdió por octava vez en nueve partidos con Federer, y el canadiense dejó el duelo en bandeja a su rival al cometer una inoportuna doble falta que suponía un match point en contra.
Federer aprovechó el regalo y se hizo con el partido al estrellar Raonic, tercer cabeza de serie, un golpe de derecha en la red.
"Milos jugó un gran partido y tiene un futuro brillante. Para mí, mi sueño es regresar el año que viene", dijo el incombustible número dos del mundo.
El suizo recibió el trofeo del certamen australiano de manos de otra gran leyenda del tenis, Rod Laver.
Federer, que ha disputado 125 finales como profesional, se convirtió en el primer hombre desde Lendl en 1992 que rompe la barrera de los mil triunfos.
Tras su éxito en Brisbane, el suizo llega como uno de los favoritos al triunfo al primer Grand Slam del año, el Abierto de Australia, que empieza el 19 de enero. (DPA)