Los hechos se registraron a las 04:30 horas locales (01:00 GMT), cuando la unidad de comando naval Shayetet 13 de Israel atacó el convoy en el que viajaba Mairead Corrigan, activista y premio Nobel de la Paz 1976.
Medios israelíes informaron que se trató de una operación que se le complicó al ejército con un resultado inesperado.
"No se esperaban esta resistencia", dijeron portavoces militares en referencia al ataque a la Flota de la Libertad, y aseguraron que desde los barcos que la integran se abrió fuego contra los comandos israelíes.
En la "Flotilla de la Libertad" viajaban cientos de activistas internacionales que partieron la víspera desde Turquía para romper el bloqueo que Israel impone a la Franja de Gaza, con unas 10 mil toneladas de ayuda humanitaria.
Israel había adelantado que trataría de torpedear la misión, y esta madrugada comandos de varias unidades llegaron en helicópteros y los tomaron por la fuerza.
En un principio toda la misión tenía que haber transcurrido sin víctimas, pero según el Ejército israelí "desde tres posiciones abrieron fuego contra los comandos y estos dispararon de vuelta".
El número de muertos y heridos es aún oscilante porque no hay confirmación oficial.
Medios de Turquía afirmaron que hay catorce activistas muertos y medio centenar de heridos, una cifra que reproducen los medios israelíes con cierta prudencia pero confirmando que el ataque "no ha sido limpio".
EL gobierno turco, que apoyó el convoy, ha protestado ante el gobierno israelí la muerte de activistas, y convocó de forma urgente al embajador israelí en Ankara, en lo que parece abrir la peor crisis entre los dos países de toda la historia.
Manifestante turcos se manifiestan desde esta mañana ante el consulado israelí en Estambul y están tirando piedra a la legación diplomática.
Por su lado, en un discurso en directo por televisión, Ismail Haniye, primer ministro de Hamás, urgió a todos los palestinos a salir a las calles a protestar en una "jornada de ira" en los territorios palestinos y en el extranjero, y al gobierno del presidente Mahmoud Abbas a "suspender las negociaciones con Israel" que comenzaron el último mes.
Mientras el Ejército israelí mantiene silencio sobre lo ocurrido en alta mar y el número de víctimas, la situación en la región se ha tornado volátil y las fuerzas de seguridad declararon el estado de emergencia.
La única reacción israelí hasta ahora es que “el arma de uno de los comandos fue capturada por un activista que empezó a disparar”.
Desde varios hospitales se informó de que los primeros heridos comenzaron a llegar, algunos con heridas graves, y que en el puerto de Ashdod, en el sur de Israel, las fuerzas de seguridad comienzan a llegar los primeros arrestados.