La visita es la última parada de su gira por Oriente Medio, que lo llevó a Irak, Jordania, Arabia Saudí y Turquía.
Está previsto un encuentro de Kerry con el presidente egipcio, Abdel Fattah al Sissi, con el ministro de Exteriores, Sameh Shoukry, y con el líder de la Liga Árabe, Nabil al Arabi.
Egipto es uno de los 10 países árabes que se ha mostrado dispuesto a integrarse en la coalición contra EI, un grupo islamista que controla amplias zonas de Irak y Siria.
El presidente estadounidense, Barack Obama, anunció esta semana que quiere ampliar los ataques aéreos contra EI también a Siria, con el objetivo de "degradar y finalmente destruir" al grupo yihadista, que según la CIA contaría con más de 31,000 combatientes.
Kerry excluyó la posibilidad de que Irán participe en la campaña, en vista del apoyo de Teherán al presidente sirio Bashar al Assad. La mayoría de los miembros de la coalición internacional contra el grupo extremista sunita apoyan a los rebeldes que combaten a Al Assad.