Harguindeguy, exgeneral de división del Ejército, fue titular del Ministerio del Interior entre marzo de 1976 y marzo de 1981, durante la presidencia de facto de Jorge Rafael Videla.
El exmilitar fue uno de los condenados en 1985 por el histórico juicio a las cúpulas militares de la dictadura y luego indultado en 1990 por el entonces presidente Carlos Menem (1989-1999), beneficio revocado por la Justicia en 2006, momento desde el cual estaba bajo arresto domiciliario.
Desde marzo pasado, Harguindeguy era sometido a juicio oral, junto a otras ocho personas, por un tribunal de la ciudad de Paraná por delitos de allanamiento ilegal, privación ilegítima de la libertad, torturas, asociación ilícita agravada y homicidio agravado por alevosía cometidos durante la última dictadura en la provincia de Entre Ríos.
A partir de marzo próximo, Harguindeguy, junto a otros 17 imputados, iba a ser sometido a otro juicio oral en tribunales de Buenos Aires en una causa por delitos de lesa humanidad cometidos en el marco del denominado "Plan Cóndor", de coordinación entre los gobiernos de facto de Suramérica.
En agosto pasado, había sido procesado junto a Videla y al exjefe del Tercer Cuerpo del Ejército argentino Luciano Benjamín Menéndez por un homicidio y 38 casos de allanamientos ilegales, privación ilegítima de la libertad, imposición de tormentos y tentativa de violación en la norteña provincia de La Rioja.
En julio fue procesado también con Videla y Menéndez, por su presunta participación en el asesinato del obispo Enrique Angelelli, en 1976.
El exministro del Interior era además investigado por el secuestro en Argentina de ciudadanos peruanos durante el Mundial de 1978, en el marco del Plan Cóndor.
En 2009 un tribunal argentino lo había considerado inimputable por alteraciones neurológicas en el marco de una causa en la que estaba acusado por el secuestro de los empresarios Federico y Miguel Gutheim durante el régimen militar.