La fiscalía señaló que Mursi, el líder de los Hermanos Musulmanes Mohamed Badie y otros miembros de la organización aprovecharon el levantamiento contra Mubarak para fugarse, con la ayuda de otros criminales, yihadistas y milicianos palestinos y libaneses.
Entre los acusados están miembros de Hamas y Hizbollah.
Mursi, destituido en un golpe de Estado militar en julio, enfrenta otros dos procesos: en uno de ellos se le acusa de promover el terrorismo y dañar a la seguridad nacional mediante la conspiración con organizaciones extranjeras. En el otro, que se reanudará el 8 de enero, se le acusa de incitar a la muerte de manifestantes. Mursi asegura que es inocente y considera que se trata de casos políticamente motivados.
También Badie tiene dos juicios pendientes relacionados con incitar ataques contra los manifestantes antiislamistas.
Mursi fue arrestado poco después del inicio de las protestas contra el régimen de Mubarak el 25 de enero de 2011 y un par de días después escapó del complejo penitenciario de Wadi al Natrun en la provincia de Beheira, a unos 160 kilómetros al noroeste de El Cairo.
Entre los muchos presos que escaparon de las cárceles en medio del caos durante la revolución egipcia había también detenidos políticos.
Mursi se convirtió en el primer presidente elegido democráticamente en junio de 2012. Tras el golpe militar de julio que lo derrocó, tras multitudinarias protestas que exigían su dimisión, el nuevo gobierno liderado por los militares ha detenido a miles de islamistas.
Además cientos de personas han muerto en enfrentamientos entre seguidores y detractores de Mursi y la policía.